La fitopatología chilena está viviendo un momento especialmente intenso, con una agricultura sometida a la presión del cambio climático, nuevas enfermedades emergentes y una fuerte necesidad de colaboración entre científicos, empresas y sector público. En Chile, estudiar las enfermedades de las plantas ya no es solo cosa de agrónomos: hoy se combinan técnicas clásicas de campo con herramientas moleculares, plataformas web e inteligencia artificial para entender mejor qué está pasando en los cultivos.
En este contexto aparecen actores clave como la Sociedad Chilena de Fitopatología (SOCHIFIT) y la Colección Chilena de Recursos Genéticos Microbianos (CChRGM) de INIA, que están empujando el desarrollo de la disciplina desde distintos frentes: congresos científicos, bases de datos históricas, colecciones públicas de cepas fitopatógenas y una red de colaboración que intenta ir un paso por delante de los problemas que llegan al campo. Todo ello configura un ecosistema fitopatológico chileno que, aunque pequeño y muy especializado, resulta decisivo para la sostenibilidad del sector silvoagropecuario.
La fitopatología en Chile: un campo que se ha modernizado a toda velocidad
En las últimas décadas, la fitopatología chilena ha dado un salto tecnológico enorme. Lo que antes se resolvía principalmente con observación en campo, microscopía y métodos biológicos clásicos, hoy se apoya de forma sistemática en la genómica, el análisis de ADN y en herramientas digitales que permiten rastrear, comparar y clasificar la información de manera masiva. Esta transición no ha sido solo un cambio de “juguetes de laboratorio”, sino una auténtica transformación en la forma de hacer ciencia.
Según se ha evidenciado en los congresos de la Sociedad Chilena de Fitopatología (SOCHIFIT), la comunidad científica ha pasado de trabajar con métodos de identificación más lentos y menos sensibles, a un escenario donde es posible detectar cantidades ínfimas de material genético de un patógeno en una muestra vegetal. Esa capacidad de localizar “hasta la molécula de ADN más pequeña” ha multiplicado la precisión en la detección de enfermedades y ha permitido abordar problemas fitosanitarios que antes quedaban difusos o mal caracterizados.
Esta modernización se refleja también en cómo se organiza y analiza la información generada por los propios investigadores chilenos. Un ejemplo muy claro es el trabajo liderado por Nicolás Quiroga, presidente de SOCHIFIT, que impulsó una clasificación taxonómica y científica exhaustiva de los resúmenes presentados en una de las ediciones del congreso de la Sociedad. A partir de ese esfuerzo inicial se entrenó a una inteligencia artificial para replicar el proceso de clasificación en todos los congresos celebrados en los últimos 30 años.
Gracias a ese proyecto, se creó una plataforma de consulta de una base de datos histórica que permite buscar trabajos por patógeno, cultivo, región u otras categorías relevantes. El sistema identifica las presentaciones asociadas a la búsqueda y facilita el acceso a los resúmenes. Para la comunidad fitopatológica chilena, esta herramienta supone algo así como una memoria viva de tres décadas de investigación, donde se pueden detectar tendencias, cambios de foco y la evolución de los problemas sanitarios en la agricultura nacional.
SOCHIFIT: una sociedad pequeña, pero muy conectada con el campo
SOCHIFIT se ha consolidado como la referencia científica en fitopatología chilena, actuando como espacio de encuentro entre investigadores, estudiantes y profesionales de la industria. A pesar de ser una sociedad relativamente pequeña en número de miembros, su influencia es alta porque concentra a buena parte de los especialistas que trabajan en enfermedades de plantas en Chile.
Uno de los rasgos que definen a SOCHIFIT es su carácter marcadamente colaborativo. Según destaca su presidencia, la disposición a compartir datos, experiencias y resultados es prácticamente un sello de identidad: ante problemas fitosanitarios que afectan a muchos productores a la vez, guardar la información para uno mismo no tiene demasiado sentido. Al contrario, compartirla permite avanzar más rápido en soluciones prácticas para el sector.
Este enfoque colaborativo también se refleja en la relación con la industria agrícola y el asesor agronómico en la sanidad vegetal. SOCHIFIT promueve que las empresas planteen abiertamente sus problemas a la comunidad científica, de forma que los laboratorios y universidades puedan incorporar esas necesidades reales en sus líneas de trabajo.
Este enfoque colaborativo también se refleja en la relación con la industria agrícola. SOCHIFIT promueve que las empresas planteen abiertamente sus problemas a la comunidad científica, de forma que los laboratorios y universidades puedan incorporar esas necesidades reales en sus líneas de trabajo. La idea es que la academia no quede encerrada en sí misma, sino que forme parte del sistema productivo, aportando respuestas concretas a los desafíos fitosanitarios del país.
En los congresos recientes, esta conexión se ha traducido en una alta asistencia y diversidad de participantes. En las últimas tres ediciones se ha superado la barrera de las 200 personas, con alrededor de un 30% de estudiantes, lo que subraya el rol formativo de la Sociedad. Además, SOCHIFIT reconoce públicamente el trabajo de sus miembros a través del premio “Espíritu SOCHIFIT” y del premio SOCHIFIT a la trayectoria destacada, reforzando la cultura de comunidad y de reconocimiento a los aportes individuales.
La sociedad también ha ido abriéndose progresivamente a profesiones más allá de la agronomía. Aunque sus raíces son agronómicas, la incorporación de técnicas moleculares y de análisis avanzado ha hecho necesaria la participación de bioquímicos, biotecnólogos, biólogos, ingenieros y otros perfiles técnicos. Esta mezcla de disciplinas enriquece el tipo de estudios que se realizan y amplía el rango de herramientas disponibles para abordar los problemas fitopatológicos.
Tecnología de vanguardia y endogamia académica: luces y sombras
La modernización de la fitopatología chilena no está exenta de matices. Por un lado, el salto tecnológico ha permitido una renovación profunda en la forma de hacer ciencia, con el uso masivo de datos genómicos, plataformas web y sistemas de información que facilitan el análisis a gran escala. Por otro lado, la propia estructura de la comunidad científica genera dinámicas internas particulares, como la llamada endogamia académica.
En áreas muy específicas de la fitopatología, como por ejemplo el estudio de hongos de la madera, el número de grupos de investigación activos en Chile es reducido: en algunos casos se habla de dos o tres equipos como máximo. Esto provoca que, de forma natural, tiendan a citarse entre ellos en sus publicaciones y trabajos de congreso. No se trata tanto de un vicio científico como de una consecuencia directa del tamaño de la comunidad, que concentra el conocimiento en pocos núcleos especializados.
En paralelo, conviven dos grandes enfoques dentro de la práctica fitopatológica en Chile: el enfoque más tradicional, basado en la observación directa de síntomas, pruebas de patogenicidad y manejo en campo, y el enfoque molecular, que se centra en el estudio del ADN, las mutaciones y los mecanismos de resistencia de los patógenos. Lejos de disputarse el protagonismo, ambos enfoques se complementan. El trabajo molecular puede no ofrecer soluciones inmediatas a un problema de campo urgente, pero aporta las claves a largo plazo, por ejemplo, para entender por qué un fungicida ha dejado de ser eficaz debido a una mutación en el hongo objetivo.
Esta combinación de miradas hace posible que problemas antiguos se aborden con técnicas modernas. Enfermedades que llevan años afectando a un cultivo concreto pueden reinterpretarse ahora gracias a la secuenciación de ADN, la genómica comparada o la bioinformática. De esta manera, procesos que antes se explicaban de forma parcial pueden describirse con mayor detalle, lo que abre la puerta a desarrollar estrategias de manejo más refinadas y específicas.
Al mismo tiempo, la disciplina se ha visto obligada a adaptarse a un entorno agrícola extremadamente cambiante, donde son los mercados y la expansión de ciertos cultivos los que terminan marcando buena parte de la agenda de investigación. Se ha visto con claridad en el caso del kiwi, cuando su expansión en Chile vino acompañada de un aumento notable de trabajos científicos sobre sus enfermedades, y se repitió con el cerezo a partir de la década de 2010, a medida que su superficie plantada crecía y aparecían nuevos problemas fitopatológicos.
Cambio climático y migración de cultivos: un escenario de enfermedades emergentes
El sector silvoagropecuario global afronta retos enormes para satisfacer la demanda creciente de alimentos, mientras los gobiernos tratan de mitigar los efectos del cambio climático. Chile no es ajeno a esta realidad: el aumento de temperaturas, las alteraciones en los regímenes de lluvias y los eventos extremos están empujando a muchos cultivos comerciales a desplazarse hacia el sur del país en busca de condiciones más favorables.
Este desplazamiento de la frontera agrícola ha tenido una consecuencia clara: la aparición de nuevas enfermedades fitopatógenas en zonas donde antes no se registraban. Nuevos patógenos encuentran huéspedes adecuados en áreas recién cultivadas, o bien patógenos ya presentes se expresan con más fuerza por el estrés asociado al cambio climático. El resultado es un mapa fitosanitario en constante reconfiguración, mucho más dinámico y difícil de anticipar.
Hasta finales de 2024, en Chile se habían identificado más de 323 agentes causales de enfermedades en cultivos comerciales. La gran mayoría corresponde a hongos (alrededor del 90 %), seguidos de oomicetos (8 %) y bacterias (2 %). Entre 2013 y 2023 se documentaron más de 60 primeros reportes de enfermedades en cultivos frutales clave para el país, como el cerezo, el arándano, el avellano, la vid, el nogal y el palto. En conjunto, estos cultivos representan más del 60 % de la superficie frutícola nacional, lo que da idea de la magnitud del desafío.
Estas cifras ponen de relieve que las enfermedades emergentes se han convertido en un problema creciente para la agricultura chilena. A ello se suma la intensificación del uso de agroquímicos, que no solo genera presiones de resistencia en los patógenos, sino que también tiene impactos negativos en los ecosistemas, la biodiversidad y la salud del suelo. En este escenario, no basta con que la agricultura se adapte; la investigación científica también debe estar a la altura, desarrollando métodos de detección más finos y estrategias de manejo integradas que reduzcan la dependencia de soluciones químicas de corto plazo.
La conjunción de cambio climático, desplazamiento de cultivos y uso intensivo de insumos ha hecho que la planificación fitosanitaria en Chile sea mucho más compleja. Los investigadores ya no trabajan solo con los problemas históricos de cada zona, sino que deben anticipar cuáles podrían aparecer a medida que cambian las condiciones ambientales y los sistemas productivos. Esto exige una vigilancia continúa, redes de monitoreo eficaces y un flujo de información fluido entre campo y laboratorio.
La importancia estratégica de conservar y compartir cepas fitopatógenas
Para poder responder con rigor científico a los desafíos descritos, resulta crítico contar con los microorganismos fitopatógenos correctamente aislados, identificados y conservados. Sin acceso fiable a las cepas causantes de las enfermedades, es imposible validar métodos de diagnóstico, evaluar nuevos productos de biocontrol o agroquímicos, o desarrollar programas de mejora genética vegetal que incorporen resistencia a patógenos concretos.
En Chile, uno de los principales cuellos de botella ha sido la ausencia histórica de un reservorio público de cepas fitopatógenas. Esta carencia limita la capacidad del sistema de I+D para hacer ensayos comparables, reproducibles y basados en material de referencia. Además, complica la colaboración entre instituciones, ya que cada laboratorio puede terminar trabajando con colecciones propias, fragmentadas y con distintos niveles de caracterización.
A este problema estructural se suma el papel del Servicio Agrícola y Ganadero (SAG), cuya misión es proteger la condición fitosanitaria del país. Para cumplir ese objetivo, el SAG mantiene restricciones muy estrictas a la importación de microorganismos fitopatógenos desde el extranjero. Las cepas que logran entrar quedan sometidas a cuarentenas y solo pueden ser manejadas en instalaciones especialmente acondicionadas para manipulación segura, con protocolos exigentes de bioseguridad.
Si bien estas medidas son lógicas desde el punto de vista de la bioseguridad nacional, generan una dificultad añadida para la investigación que necesita trabajar con patógenos de relevancia global o con materiales estandarizados para compararse con estudios internacionales. Sin colecciones bien mantenidas dentro del país, y con un acceso restringido a material externo, la capacidad de diseñar estrategias integrales de detección y manejo de enfermedades queda seriamente limitada.
En este contexto, se vuelve esencial el desarrollo de colecciones de cultivo nacionales de alta calidad, que garanticen la conservación a largo plazo, una identificación a nivel de especie bien documentada y la posibilidad de distribución segura a terceros (ya sean empresas, universidades o centros de investigación públicos y privados). Tener un banco de referencia sólido es, en la práctica, una condición básica para que la fitopatología chilena pueda sostener el ritmo de los desafíos actuales.
La Colección Chilena de Recursos Genéticos Microbianos (CChRGM) como pilar del sistema
La Colección Chilena de Recursos Genéticos Microbianos (CChRGM), dependiente del Banco Microbiano de INIA, se ha posicionado como una colección de cultivos reconocida internacionalmente, con la infraestructura y el know-how necesarios para caracterizar y conservar microorganismos durante largos periodos de tiempo. Su experiencia tanto en conservación como en fitopatología la convierte en un actor central para impulsar un reservorio público de patógenos vegetales en Chile.
En el marco de un proyecto apoyado por la Fundación para la Innovación Agraria (FIA), la CChRGM está trabajando, en asociación con diversas instituciones, en la creación de una colección pública de microorganismos fitopatógenos identificados a nivel de especie, conservados a largo plazo y disponibles para ser distribuidos a terceros. Este esfuerzo busca reducir la brecha en la disponibilidad de cepas de referencia y facilitar que la comunidad científica y productiva pueda acceder a material de calidad para investigación, desarrollo e innovación.
La CChRGM garantiza la pureza y viabilidad de las cepas mediante dos técnicas clave: la crioconservación y la liofilización. Ambas permiten mantener los microorganismos durante años, e incluso décadas, desde el momento en que se aíslan. Para su envío, la colección ofrece dos formatos: ampollas de vidrio con material liofilizado y cultivos vivos, lo que facilita la logística de transporte a cualquier región del país.
El formato en ampollas de vidrio liofilizadas es especialmente innovador en el contexto chileno, ya que ninguna otra colección de cultivos distribuye material de esta forma. Este método presenta ventajas claras respecto al envío de cultivos vivos: asegura la esterilidad, ofrece mayor protección física frente a golpes y proporciona una durabilidad superior, dado que puede almacenarse a 4 °C en el laboratorio receptor. Además, no requiere suministro eléctrico continuo, algo muy valioso en un país donde los terremotos y otros fenómenos naturales pueden interrumpir el acceso a la energía.
Antes del proyecto impulsado con apoyo de FIA, la CChRGM ya disponía de 125 cepas fitopatógenas en su catálogo web listas para distribución. Con la ejecución de la iniciativa, se proyecta incrementar en 160 el número de cepas de patógenos vegetales identificadas, y se espera sumar alrededor de 30 nuevas especies gracias a donaciones de entidades colaboradoras como el SAG, el Laboratorio Agrícola de Chile (LAGRIC) y BIOFOREST.
El objetivo final es conformar un catálogo público de 315 cepas fitopatógenas bien caracterizadas, acompañadas de información clave: planta huésped, síntomas observados, lugar de colecta, fecha de aislamiento, secuencias de ADN y otros datos que resultan esenciales para los investigadores. Hacia fines de 2024, el proyecto alcanzaba un avance del 24 %, lo que se traducía en 69 nuevas cepas fitopatógenas caracterizadas a nivel de especie.
Un catálogo diverso de géneros fitopatógenos y su impacto en la investigación
Gracias al trabajo realizado, la Colección Chilena de Recursos Genéticos Microbianos ha conseguido reunir un conjunto amplio de géneros fitopatógenos de relevancia para la agricultura y los recursos forestales del país. Entre ellos se encuentran hongos y bacterias pertenecientes a Alternaria, Arambarria, Botrytis, Bjerkandera, Chondrostereum, Colletotrichum, Corinectria, Cytospora, Diaporthe, Diplodia, Fusarium, Gaeumannomyces, Gnomoniopsis, Lasiodiplodia, Neofusicoccum, Neopestalotiopsis, Ophiostoma, Phacidium, Phytophthora, Pseudomonas, Rhizobium, Schizophyllum, Sclerotinia, Thyronectria y Xanthomonas, entre otros grupos relevantes.
Contar con este abanico de géneros en una colección pública accesible tiene implicaciones importantes. Para las empresas de bioinsumos y agroquímicos, supone disponer de patógenos de referencia con los que ensayar la eficacia de nuevos productos. Para los programas de mejora genética, posibilita evaluar variedades de cultivo frente a cepas concretas y seleccionar materiales con mayor resistencia. Para los laboratorios de diagnóstico, ofrece materiales de control con los que validar y estandarizar métodos de detección moleculares o serológicos.
Además, la existencia de un catálogo detallado, con datos sobre origen geográfico, planta huésped y síntomas, permite trazar mejor la distribución y la importancia relativa de cada patógeno en el territorio nacional. Esto puede ayudar a diseñar acciones de vigilancia más inteligentes, focalizando recursos en las especies que representan un mayor riesgo para ciertos cultivos o regiones.
A medida que se consolida la colección y se incorporan nuevas cepas, el catálogo aspira a ser una plataforma de referencia para la comunidad fitopatológica chilena, que no solo ofrezca material biológico, sino también información asociada de alto valor. En un entorno de enfermedades emergentes y cambio climático, disponer de estos datos de forma organizada y actualizable es un recurso estratégico de primer orden.
El trabajo detrás de la CChRGM y de la colección de fitopatógenos cuenta con la participación de especialistas como Matías Guerra P., gestor técnico del Banco de Recursos Genéticos Microbianos de INIA, y Jean Franco Castro F., curador de la propia Colección Chilena de Recursos Genéticos Microbianos. Su labor técnica y de coordinación con otras instituciones resulta fundamental para mantener la calidad, trazabilidad y seguridad del material conservado.
Si se mira el conjunto, la fitopatología chilena se encuentra en un punto de inflexión: por un lado, se enfrenta a un volumen creciente de enfermedades emergentes asociadas al cambio climático, a la migración de cultivos y a la intensificación productiva; por otro, está construyendo infraestructuras científicas y redes de colaboración que le permiten responder con mayor solidez. La combinación de sociedades científicas activas como SOCHIFIT, bases de datos históricas apoyadas en inteligencia artificial y colecciones nacionales de cepas como la CChRGM está sentando las bases de un sistema más resiliente y preparado para lo que venga, aunque siga siendo una disciplina de tamaño reducido y con limitaciones propias de su contexto.
